Die rund 3‘900 Stimmberechtigten sind das oberste Organ der Gemeinde. Sie fassen ihre Beschlüsse in lokalen Angelegenheiten an der Gemeindeversammlung oder bei Kreditgeschäften über 2 Mio. Franken an der Urne.
Weitere Gemeindeorgane sind der Gemeinderat, die ständigen Kommissionen und das zur Vertretung der Gemeinde befugte Personal (Bauverwalter, Finanzverwalter und Gemeindeschreiber).
Wie in rund 80% aller Gemeinden werden die Stimmberechtigten auch in Neuenegg mindestens zweimal im Jahr dazu aufgerufen, ihre lokalen Angelegenheiten zu diskutieren und Entscheide zu treffen. Im Frühling zur Genehmigung der Gemeinderechnung und im Herbst zur Beschlussfassung über den Voranschlag, die Steuern, Gebühren und Abgaben. Vorsitz hat die Präsidentin / der Präsident oder die Vizepräsidentin / der Vizepräsident des Gemeinderates.
Der Gemeinderat besteht aus sieben Mitgliedern. Die sieben Mitglieder werden alle vier Jahre im Proporzverfahren gewählt. Die Präsidentin / der Präsident und die Vizepräsidentin / der Vizepräsident werden im Anschluss an die Gemeindewahlen aus deren Mitte im Majorzverfahren gewählt.
Der Gemeinderat ist das Führungs-, Planungs- und Koordinationsorgan der Gemeinde. Er fasst und vertritt seine Beschlüsse als Kollegialbehörde und ist für alles zuständig und verantwortlich, was nicht ausdrücklich einem anderen Gemeindeorgan übertragen ist oder zwingend einem anderen Organ zusteht. Die Finanzkompetenz des Gemeinderates für neue Ausgaben beträgt maximal CHF 200'000.--.
Die Gemeinderatssitzungen finden in der Regel alle zwei Wochen statt. Jedes Gemeinderatsmitglied steht einem besonderen Verantwortungsbereich (Ressort) vor. Das Sekretariat wird durch den Gemeindeschreiber geführt.
Zurzeit gibt es fünf ständige Kommissionen, in denen rund 35 Personen mitwirken. Sie unterstützen und beraten den Gemeinderat in seiner Arbeit. In bestimmten Aufgabenbereiche (Bauwesen, Schulwesen) verfügen die Kommissionen über abschliessende Entscheidungskompetenz.
Die Verwaltung umfasst zurzeit 19 Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter, welche auf drei Abteilungen (Gemeindeschreiberei, Bauverwaltung und Finanzverwaltung) aufgeteilt sind.